Da die Lukaskirche und deren Orgel bis Advent 2026 saniert werden, finden die Orgelkonzerte in der katholischen Schwestergemeinde St. Anna statt.
Die Klosterkirche St. Anna wurde zwischen 1727 und 1733 vom Architekten Johann Michael Fischer errichtet. Rund hundert Jahre später, 1827 wurde sie die Heimat des Franziskanerordens. Nach schwerer Zerstörung im Zweiten Weltkrieg wurde die Klosterkirche bis 1979 aufwendig rekonstruiert. 1999 erbaute die schweizerische Orgelbaufirma Mathis ein Instrument mit 23 Registern.
Das Lehel entwickelte sich im Laufe der Jahrzehnte zu einem großbürgerlichen Stadtteil und alsbald erwies sich die Klosterkirche als zu klein. So wurde 1887 gegenüber der Klosterkirche mit dem Bau der Pfarrkirche nach Plänen von Gabriel von Seidl im neuromanischen Stil begonnen. 1892, vier Jahre vor Vollendung der Lukaskirche, wurde der Kirchenbau eingeweiht. Die Firma Klais baute 1980 ein Instrument mit 30 Registern ein, das die dreimanualige Vorgänger-Orgel der Münchner Firma Moser ersetzte.