Im Zweiten Weltkrieg wurde die ursprüngliche dreischiffige Backsteinkirche im neugotischen Stil von 1876 erheblich beschädigt. Die Glasbilder und die Steinmeyer-Orgel waren ausgelagert und haben so den Krieg unversehrt überstanden.
Karl Richter machte St. Markus ab 1951 zu einer zentralen, international renommierten Aufführungsstätte für die Musik von J. S. Bach und begründete die Tradition von St. Markus als Musikkirche. Die Orgel wurde 1949 und 1964 umgebaut und erweitert. 1967 wurde auf der Empore der Ostseite zusätzlich eine Orgel der Firma Ott aufgestellt, die speziell auf das Klangbild Bach‘scher Musik ausgerichtet ist.
1956-1957 erfolgte ein umfassender Umbau durch den Architekten Professor Gustav Gsaenger, der mit seinen Umbauten das „klassisch-moderne“ Aussehen des Kirchenraums erhalten hat. 2008/2009 Jahre wurden Pläne für einen weiteren Umbau realisiert, der das Profil der Kirche als Dekanats-, Musik- und Universitätskirche, als Kirche für Gemeinde und Stadtgesellschaft, widerspiegelt.
München-Maxvorstadt,
Gabelsbergerstr. 6
MVV: U3/6 Odeonsplatz